В Японию 1990-х годов прибывают люди из далёкого будущего и заявляют, что если Годзилла не будет уничтожен, то вскоре он станет причиной глобальной ядерной катастрофы. Для устранения такой угрозы они предлагают вернуться в прошлое и ликвидировать Годзиллу до его мутации в непобедимого динозавра. Однако вскоре появляется новая проблема — в лице трёхголового дракона Кинг Гидоры.