В прошлом человечество пережило войну с расой гигантов Зентради. После битвы с инопланетными захватчиками, человечество оказалось на грани вымирания и как единственный путь развития было принято решение осваивать космос. За много лет, прошедших с момента катастрофы, люди успели побывать в каждом уголке вселенной. И ныне, в 2059-м году в составе гигантского Иммиграционного Флота корабль Макросс Фронтир направляется к центру галактики. В один из дней на борт корабля прибывает поп-звезда Шерил Ном со своим концертом. В то же время внезапно намечается чрезвычайная ситуация — приходит информация о вражеском флоте, сметающем все заслоны военных. Положение становится настолько отчаянным, что объявляется боевая тревога. Несмотря на все попытки остановить атаку, вражеские корабли неуклонно продвигаются к гражданским судам…