Действие фильма происходит в 2036 году, через 20 лет, после того, как радиоактивное загрязнение от аварии на ядерном объекте превратила центральную часть Японии в радиоактивную пустыню. Благодаря генной инженерии появились люди, которые были непроницаемы для радиоактивности начиная с рождения. Они являются членами нового отряда специального назначения «Коппелион». Трех школьниц, состоящих в этом отряде, послали в мертвый город — Токио для того, чтобы найти выживших и выяснить, что послужило главной причиной произошедшей двадцать лет назад катастрофы.