События фильма разворачиваются через год после Четвертой мировой войны. Киборг-хакер экстраординарный Мотоко Кусанаги из 501-го секретного военного подразделения оказывается вовлечен в расследование событий...

Освободившись от своих обязанностей в подразделении 501, Мотоко Кусанаги теперь должна научиться принимать приказы от Арамаки. Кто-то взламывает системы защиты госбезопасности, и Бато обращается за помощью ...