Прошло 15 лет после загадочной глобальной катастрофы, поставившей человечество на грань выживания. Но оставшихся в живых впереди ждут еще более страшные испытания. Землю атакуют Ангелы — загадочные гигантские существа, появившиеся неизвестно откуда. Единственное оружие на планете, способное им противостоять — роботы серии Евангелион, созданные при помощи передовых биотехнологий. Правда, сражаться с помощью этих огромных машин способны только те пилоты, которые могут полностью синхронизировать себя с роботом и управлять Евангелионом как собственным телом. Эти уникальные бойцы обучаются и живут в секретном подземном городе Токио-3, штаб-квартире организации NERV, возглавляющей защиту Земли от вторжения. Синдзи, Асука и Рэй — пилоты, у которых складываются крайне непростые отношения. Но именно от них зависит судьба планеты и разгадка тайны зловещих Ангелов.