Год 2201, Земля почти восстановилась после войны с Гамилусом и начала экспансию на планеты солнечной системы. Корабль Земли получает сигнал от женщины по имени Тереза о надвигающейся опасности. На этот раз героям предстоит столкнуться с зловещей Империей Белой Кометы, цивилизации с галактики Андромеда, которая завоевывает всех на своем пути. Старая команда Ямато вновь собирается и угоняет крейсер чтобы противостоять новому врагу. Но смогут ли они одолеть противника против которого даже главное волновое орудие Ямато бесполезно?..