Давным-давно, когда пирамиды были ещё молоды, правители Египта забавлялись тем, что устраивали между собой магические поединки, которые получили название «Игры теней». Это привело к освобождению огромной тёмной энергии, способной уничтожить весь мир. Тогда могущественный фараон заточил эту силу внутри таинственных «Тысячелетних артефактов» ценой своей жизни и шести жрецов. Прошло 3000 лет. Весь мир увлечён «Duel Monsters», карточной игрой с использованием компьютерных технологий, аналог «Игр теней». Школьник Юги Муто является лучшим игроком, но мало кто знает его тайну. Он сумел собрать «Тысячелетнюю головоломку» — древнеегипетский артефакт, который когда-то нашёл в экспедиции его дедушка…